anzichè il frutto della fantasia di uno o di più pittori, l'attuazione dei concetti di un architetto" (M.Salmi). Nel transetto la decorazione diventa più complessa: lo spazio è scandito da finte paraste a candelabro, tra fasce con decorazioni monocrome, tondi con figure di santi. Nelle lunette, nelle trifore, nei catini grandeggiano le figure della Vergine, di santi, di duchi, di certosini. Nel presbiterio Daniele Crespi († 1630) "uno degli artisti maggiori del Seicento lombardo" (M.Salmi), ne completò, "con magniloquenza barocca" (ibidem), la decorazione, illustrandovi storie della Vergine, di S.Bruno, fondatore dell'Ordine dei Certosini e, nell'abside, il mistero della Trinità e santi eremiti. Nelle volte e in qualche lunetta delle cappelle, vi è solo qualche residuo della decorazione bergognesca. Nelle pale d'altare possiamo ancora oggi ammirare alcune delle opere più belle di Ambrogio Bergognone. Durante i secoli XVI e XVII le cappelle furono arricchite di nuovi affreschi, di paliotti con bassorilievi del bussola, dell'Orsolino, del Volpino, del Rusnati, e con ricche tarsie marmoree dovute alla famiglia pavese dei Sacchi che operò in Certosa per più di un secolo. I senesi Sorri e Casolani nel 1599 affrescarono l'interno del tiburio, e Giuseppe Procaccini (1679) la parete interna della facciata. Nelle finte bifore, lungo le navate laterali e nel transetto spiano figure di Certosini affacciati, "motivi realistici di una saporosa arguzia" (Salmi).

Cappelle di sinistra (lato nord)
Cappella di S.Maria Maddalena