SALA I «di Casteggio»
(necropoli romana di Clastidium, con relativo corredo; terrecotte, bronzi,
ceramiche del territorio pavese).
SALA II
raccolta egizia Malaspina, ceramica fenicia, della Magna Grecia; vetri, bronzi, terrecotte locali del collezionismo pavese ottocentesco.
SALA III
trovamenti del territorio: vetri, bronzi, ceramiche, lucerne.
SALA IV
testimonianze architettoniche e scultoree di Ticinum.
SALA V
monumenti funerari.
Alto Medio Evo
SALA VI Sigilli tombali di dignitari, re e regine longobardi, sculture, rilievi ( lastre di Teodote sec. VIII) di Pavia capitale di regno.
Romanico / Rinascimento
SALE VII-VIII-IX
resti architettonici (portali, capitelli, fregi) della doppia cattedrale romanica di S. Stefano (basilica estiva) e di S. Maria del Popolo (basilica invernale).
SALA X
elementi scolpiti della basilica di S. Giovanni in Borgo, capitelli di altissima qualità formale.
SALA XI
eccezionale raccolta di mosaici pavimentali romanici, dalle Cattedrali, da S. Invenzio, da S. Maria delle Stuoie.
SALA XII
dal romanico al tardo-gotico: sculture in pietra e terracotta; resti romanici e affresco rinascimentale di S. Agata al Monte.
SALA XIII «della Colombina»
elementi architettonici in pietra e terracotta del Rinascimento (dalla Certosa, dalla chiesa di S. Salvatore e da Cascina Caselle di Zerbolò).
SALA XIV
sculture in pietra rinascimentali dalla Certosa, da S. Salvatore ( formelle con il Vecchio e Nuovo Testamento , della cerchia dell'Amadeo) e Pietà entro edicola, capolavoro di Mantegazza.